De jonge Mahito vlucht tijdens een aanval van de geallieerden met zijn vader naar het platteland, nadat zijn moeder bij een brand in het ziekenhuis is omgekomen. Als zijn vader hertrouwt heeft Mahito moeite zijn stiefmoeder te accepteren.

Een ontmoeting met een geheimzinnige reiger brengt hem naar een fantasiewereld, waar hij het verlies van z’n moeder langzaam leert te verwerken. Dit semi-autobiografische fantasierijke epos is Hayao Miyazaki’s eerste film sinds het Oscargenomineerde The Wind Rises en is opnieuw een autobiografisch geïnspireerd eerbetoon aan vriendschap.